次氯酸鈉發生器殺菌消毒的工作方式是通過它的水解形成次氯酸，次氯酸再進一步分解形成新生態氧[O]，新生態氧的極強氧化性使菌體和病毒上的蛋白質等物質變性，次氯酸鈉發生器從而致死病源微生物。其實，氯氣消毒的原理也主要是以產生出次氯酸，然后釋放出新生態氧[O]的方式。

根據化學測定，PPM級濃度的次氯酸鈉發生器在水里幾乎是完全水解成次氯酸，次氯酸鈉發生器其效率高于99.99%。其過程可用化學方程式簡單表示如下：

NaClO + H₂O ＝ HClO + NaOH

HClO → HCl + [O]

其次，次氯酸在殺菌、殺病毒過程中，次氯酸鈉發生器不僅可作用于細胞壁、病毒外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，還可滲透入菌（病毒）體內，與菌（病毒）體蛋白、核酸、和酶等有機高分子發生氧化反應，次氯酸鈉發生器從而殺死病原微生物。

R-NH^-R + HClO → R₂NCl + H₂O

同時，次氯酸產生出的氯離子還能顯著改變細菌和病毒體的滲透壓，次氯酸鈉發生器使其細胞喪失活性而死亡。

因此，次氯酸鈉發生器適合各種水體消毒，還能夠分解蔬菜、水果等農副產品上所殘存的微量農藥。次氯酸鈉發生器對自來水、市政污水消毒治理方面，發揮著重要的作用。

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